La brasserie a été fondée en 1900 par Paul Cantillon, dont le père était également brasseur , et sa femme, Marie Troch ,et depuis 2011 , le propriétaire est Jean-Pierre van Roy, brasseur de quatrième génération à Cantillon. Depuis sa fondation, le seul changement majeur a été un passage aux ingrédients biologiques en 1999. Cantillon était l'une des plus de cent brasseries en activité à Bruxelles lors de sa fondation et a été la seule à rester opérationnelle pendant les années 2000.Cantillon est la seule brasserie de lambic traditionnelle située dans la ville de Bruxelles et fonctionne aujourd'hui à la fois comme brasserie et comme musée vivant, le Musée bruxellois de la gueuze (Musée bruxellois de la gueuze) . Cantillon brasse des produits lambic traditionnels, en utilisant 65% d'orge maltée et 35% de blé non malté. Les bières de Cantillon sont fermentées spontanément à l'aide d'un grand refroidisseur dans le grenier de la brasserie et fermentées en fûts de chêne.